Если у вас есть доступ до mikrotik с zabbix сервера, то у вас практически всё есть.
Скорее всего на хосте с zabbix сервером какой-нибудь linux.
Все что вам нужно это белый ip хотя бы с одной из сторон, если он есть у микрота, то чуть проще.
Поднимаете на стороне микрота lt2p сервер и настраиваете ipsec, хост со стороны zabbix сервера цепляется к этому серверу и вам нужно будет маршрут прописать до локальной сети за микротом.
Если же все сложнее и mikrotik за серым Ip или NAT, то вам все равно нужно будет настроить туннель, но клиентом будет выступать mikrotik.
Даже если zabbix тоже на серым Ip и NAT, вам нужно где-то, где есть возможность поднять openVPN сервер.
Настроить IPP по-моему файлики, которые содержат данные клиентов.
Там смысл в том, что openVPN позволяет шарить сеть за клиентом. В IPP клиента описывается сеть клиента которая за ним, в конфиге сервера описывается сеть которую нужно шарить и за кем она. (не помню точно). И настраивается конфиг, что клиенты могут ходить к друг другу.
Хост zabbix сервера цепляется клиентом к openVPN, mikrotik цепляется клиентом к openVPN.
Сервер openVPN говорит участникам, что мол есть такая сеть за mikrotik. И тогда у хоста zabbix сервера должен появится маршрут к подсети mikrotik. Главное, чтобы подсети не пересекались.
И все, связь есть, можно мониторить
UPD Ну или просто разверните zabbix proxy за mikrotik