Вместо копирования на уровне файлов лучше использовать на уровне блочного устройства.
в windows есть volume shadow copy (аналог снапшота) и возможность делать резервную копию на уровне блоков, есть штатный
diskshadow и комерческие бакапилки типа Acronis True Image (как я понимаю требует перезагрузку) а на ходу Veeam Agent for Windows, Macrium Reflect (это что нагуглилось, сам я большой объем файлов на ntfs не держу, а в linux все проще).
Еще есть серверная файловая система для windows - ReFS, у нее есть инструменты для блочного копирования, и наверное в сочетании с теневыми копиями тома можно делать инкрементальное копирование но красивого готового инструментария с windows нет.