Проблема, и собственно решение, оказалась до безобразия банальной!
При передаче по FTP портился бинарник, проверить это можно сравнив хэши файла.
Для решения проблемы достаточно было перевести Filezilla в режим подключения SFTP (ну или можно юзать передачу файлов по SSH)
После чего прога отлично работает на VDS