Это очень старый глюк рабочего стола винды, когда при изменении разрешения или конфигурации мониторов все значки на рабочем столе перемешиваются и получается бардак, а в некоторых случаях даже и возврат обратно на предыдущую конфигурацию не помогает. Используйте сторонние утилиты типа
DesktopOK для частичного исправления этой проблемы.
UPD: для восстановления положения окон следует использовать стороннее ПО для управление окнами. В винде нету встроенного функционала для этого.