Я скачал установщик whatsapp в формате Msixbundle, положил на шару и при первоначальной настройке компов добавляю скриптом в котором есть строка
DISM.EXE /Online /Add-ProvisionedAppxPackage /PackagePath:"\\.........\system\Software\WhatsAppDesktop.Msixbundle" /SkipLicense
У тех кто первый раз залогинется, будет доступен сразу. Если нужно на уже выполнившие первый вход учетные записи, можно логон скриптом всем поставить