Как злоумышленник проникает на сервер?
Судя по набору ПО речь идет о
вебсервере. А сам по себе он бесполезен, если на нём не крути(я)ться сайты(ы).
В этом случае наиболее частый и простой способ - через уязвимости сайта.
Если используется популярная CMS, то методы устранения уязвимости
(не путать с лечением!) просты и банальны - достаточно заменить движок и все модули/компоненты/плагины взятые с оф. сайта(ов). При этом не забыть проверить остающиеся файлы (начиная от хтацесса на верхнем уровне и заканчивая более глубокими уровнями).
Более подробно о причинах и лечении можно почитать
тут. Инструкция написана для WordPress, но в основной части подходит для всех движков.