В любом автоматизаторе - запускаете приложение свёрнутым, получаете хэндл окна, далее окно в трей отправить. Чисто технически это работает следующим образом: окно прячется, через WinAPI в трей добавляется иконка, а на клик по иконке вешается коллбэк по восстановлению окна.
Пример для nnCron: https://nncron.ru/help/RU/working/plugins/win2tray...