Если вы про x86-64 материнки, то легкодоступных отладочных а-ля JTAG разъемов на них нет и никогда не было. Всегда требовалось уникальное дорогое и труднодоступное оборудование, которое очень сложно (если вообще возможно) завести на "магазинном" ПК.
Если вам очень нужно отлаживать x86-64 настолько полностью, ваш выбор - QEMU. И даже тогда не очень представляю, чем вам поможет JTAG - гораздо полезнее встроенные в ОС средства отладки, они вам и процессы покажут и их память, и точки останова поставить дадут. С низкоуровневым доступом у вас будет физическая память, по которой как-то раскидана ось и перемешаны процессы. И если на микроконтроллере ещё что-то можно понять, то в масштабах ПК с таким доступом очень сложно