Есть база Mysql, доступ к ней идет через обратный прокси proxy pass на Nginx (как VPN). Короткие запросы к БД проходят нормально, длинные падают с ошибкой SQL Error 08S01 Communications link failure через 17 минут.
Lynn «Кофеман», там странная схема, это не связано с сайтами. По факту nginx используется для переадресации запросов между внутренней сетью и различными VPS.