scp тут ни при чём, да и ls тоже. Так работает практически любой шелл в линуксе. Он запоминает текущую папку не (только) по имени, но и по её фактическому расположению на диске. А при удалении и создании новой одноимённой папки фактическое положение меняется.
Точно такого же эффекта можно добиться и без scp. Просто удалив папку и создав на её месте новую (собственно именно это и произошло).
Вместо
cd ..; cd foo
можно сделать
cd .
.
/tmp/q$ ls -l
total 0
-rw-rw-r-- 1 lynn lynn 0 nov 1 16:01 2
$ rm -r ../q
$ mkdir ../q
$ touch ../q/3
$ ls -l
total 0
$ cd .
$ ls -l
total 0
-rw-rw-r-- 1 lynn lynn 0 nov 1 16:04 3