SEQ и ACK нумеруются в рамках Tcp сессии. Поэтому, при обычном соединении они конечно же совпадают на стороне сервера с тем, что отправил клиент.
При использовании Nat, tcp - сессию с сервером поддерживает сам маршрутизатор. В рамках этой сессии может быть вообще другой номер порта отправителя и другие номера SEQ, ACK
Если Nat вложенный, то номера могут меняться несколько раз.