Таскай две установки, одну настроенную для intel, другую для amd, а каталог с профилем пользователя сделай общим с помощью символических ссылок либо настройками в реестре.
Приложения придется устанавливать на обоих системах, мало того, можно сделать одну установку, настроить все необходимое а затем склонировать ее и настроить под другое железо.
Сделать все можно на двух разных разделах одного диска, выбор ОС будешь делать с помощью штатного меню загрузки bcedit (в win10 его запрятали но погугли инструкции)
p.s. как у тебя удалось установить windows на внешнем носителе? какой у тебя носитель и какой контроллер?