Ну, как-бы сказать. Одним инстансом, и даже одним интерфейсом тут не отделаться.
1) Есть некий предел количества портов в протоколе TCP - это разрядность поля short в заголовке IP. Всего осилите (чуть меньше конечно) 64534 коннекта на один (sic!) IP-адрес.
2) По поводу хранения 30-40к пользователей в файле - я бы так не делал, ну или это был бы не файл, а какая нибудь база данных, да пусть хотя бы файловая BerkleyDB, SQLite или еще что-то в этом роде.
3) По поводу 1000 коннектов и аут - смею предположить, что файл /etc/security/limits.conf и ulimit для вас ничего не значат....
Ну и есть еще Socks5 Dante, попробуйте его, если на все вопросы выше у вас правильные ответы.
А так - тройка IP-адресов, тройка HAProxy на каждом, ну и с пяток инстансов SOCKS5. Скорее всего и взлетит.