Смотрим на цифры, у hdd есть максимальная линейная скорость и максимальная скорость в случайном доступе, и эти две цифры отличаются на пару порядков!
Возможна комбинация условий, такие как - нехватка оперативной памяти для кеширования системных файлов, плюс, не настроенный (тут не помогу, знаю только что это возможно) алгоритм сохранения данных в кешах (типовая ситуация, системная библиотека попала в кеш, затем сервер отдал двум-трем клиентам один и тот же огромный файл, и он, при попытке положить его в кеш, вытеснил ранее закешированную библиотеку) и вот любой запрос к ОС заставляет диск дергать свои головки, значительно понижая скорость работы. Это не в том смысле вот добавили еще одного пользователя и стало чуть чуть хуже, нет, вот у пользователей чуть чуть изменился характер работы с данными и скорость упала на порядок скачкообразно.
Я бы разместил ОС на отдельном диске (не обязательно ssd), это слегка поможет.
От жестких дисков нужно избавляться, они подходят только там где нужно хранить много а доступ редкий, а у вас я так понимаю диски на 100% постоянно? Если вам на только на чтение (пишем один раз читаем много), а сервер ваш, можно приобрести максимально дешевые десктопные ssd и держать на них копию данных с hdd, тогда за относительно небольшие траты можно решить проблему низкой скорости (повторяю - держать копию на hdd так как дешевые десктопные могут тупо из-за контроллера помереть).
