Работу в VSCode начинайте с команды Открыть каталог, чтобы этот каталог стал текущим для встроенного терминала. В противном случае ваш терминал открывается в домашнем каталоге и вы в этом каталоге зачем-то инициализировали репозиторий.
Чтобы исправить ошибку, удалите этот репозиторий
rm -rf "~/.git"
И создайте репозиторий заново в правильном месте — в каталоге вашего проекта.