Суть вопроса, например сейчас я пишу под avr. Захожу в воркспейс(некая папка например) в ней лежит глобальный файл настройки (какие доп-ия вкл/выкл) для avr. Потом создаю папку проекта, а в ней настройки проекта. И аналогично для stm32 например
Если в папке проекта создать папку с названием .vscode и в ней файл settings.json, то при открытии этого проекта все настройки из этого файла применятся автоматически. Еще можно создать файл окружения с расширением .code-workspace и в нем указать путь к нужному проекту и какие нужно расширения vscode.