У нас в каждом модуле лежат именно те сущности, которые этому модулю "принадлежат". Единственное что для этого нужно: config.module.php
Покажите свой конфиг, как вы указываете доктрине где искать сущности. Вот мой пример из работающего кода:
'doctrine' => array (
'driver' => array(
'catalog_entities' => array(
'class' =>'Doctrine\ORM\Mapping\Driver\AnnotationDriver',
'cache' => 'array',
'paths' => array(__DIR__ . '/../src/Catalog/Entity')
),
'orm_default' => array(
'drivers' => array(
'Catalog\Entity' => 'catalog_entities'
),
),
),
),