Начать надо с уточнения дистриба, потому что запуск автоматической проверки сиииильно зависит от того, как собран initrd (initramfs) и каким инструментом он собирался.
То, что ниже - рассчитано на сбор initramfs через dracut.
Убедиться, что не передается rd.skipfsck=1 (не надо спрашивать, какой дебил это сделал - надо сходить в /usr/lib/dracut/modules.d и поискать там рекурсивно rd.skipfsck). Если передается - закомментить нафиг и пересобрать initramfs (я обычно делаю командной dracut -f -H --zstd [имя файла initrd])
Дополнительно можно включить в initrd программы для ручной проверки дисков (если они там отсутствуют). Для этого нужно добавить вот эту строчку в файл настроек dracut (как он у Вас называется, не знаю)
add_dracutmodules+=" rescue img-lib "
и опять же пересобрать initrd
После чего системы / и /usr будут проверяться в момент загрузки initrd
(чтобы /usr не проверялся еще раз при монтировании прочих файлух - нужно не забыть в /etc/fstab в строке монтирования /usr в последнем поле поставить 0 вместо любого другого числа, если он там уже не стоит)