правильно ли я понимаю, что на этапе продакшена мы должны подключаться только к одному порту, на котором находится сервер, а он отправит html, css, js файлы при первом запросе на главную страницу а в дальнейшем будет отправлять JSON?
В зависимости от настроек сервера и архитектуры твоего проекта. Экспресс может как отдавать хтмл/css,так и служить для обмена данными бека с фронтом(апи). Во втором случае за раздачу хтмл может отвечать какой-либо популярный веб-сервер, nginx/apache.
при использовании npm run build я получаю папку build, где много css и js файлов. Как эту папку надо связать с node.js
Никак. На стадии билда участие ноды в проекте заканчивается (в случае с фронтом, естественно. Если у тебя сам сервер, бекенд на ноде, то там нужно запускать это дело на хосте). Ты размещаешь свой код на веб-сервере, который его раздает в дальнейшем клиентам.
Допустим мы при первом запросе на сервер отправляем HTML файл. Но как клиент получит нужный ему css и js файл из кучи в папке build.
все как в обычном html. Есть точка входа в виде хтмл-файла, к которой твой билдер уже привязал все стили/скрипты. Все это отдается клиенту.
Это базовый сценарий. Есть другие способы, такие как SSR например. Но это уже другая история.