Берем, к примеру, wx.python
Делаем кнопочки, флажочки, текстовые поля, которые будут управлять настройками модулей.
Дальше GUI связываем с вашими модулями.
Готово.
А вот какие настройки будут в интерфейсе, это решать вам.
Ваш интерфейс должен облегчить настройку apache, nginx, php, mysql.
Когда-то себе собирал подобное и использовал только apache,php,mariadb и на python делал просто скрипты, которые все это дело запускали, перезагружали и останавливали.
