По нажатию на F5 запускается сцена, указанная в настройках проекта, а именно
Вкладка Project -> Project Settings -> Run -> Main Scene. Проверь, что там указана именно та сцена, которую ты хочешь запустить. Также F6 позволяет запустить открытую в редакторе сцену, что можно помочь найти ошибку.