Чтобы файл удалился из проекта, его нужно удалить из репозитория. Добавление в игнор ничего не удалит. Игнор лишь затруднит добавление файла в проект, если он ранее ещё не был добавлен. Если файл уже в репозитории, то его изменения будут отслеживаться до тех пор, пока вы его не удалите. Игнор не удалит файл и не сделает его невидимым.