1. Можно по process id приложения средствами iptables создавать правило, чтобы подменять исходящий адрес.
2. Если приложение ваше самописное, можно при создании сокета указать к какому интерфейсу биндиться.
3. Можно использовать возможности iproute2. Пример тут
https://habr.com/ru/articles/100919/
4. Если целевой адрес какой-то особенный, можно прописать маршрут ip route, чтобы шел через второй интерфейс со вторым IP. Но тут надо осторожно. В некоторых системах возникают спецэффекты. Такое видел в Ubuntu.