Если вы под головным коммитом имеете в виду самый последний и нужно «удалить» предыдущий коммит, то можно использовать опцию --onto, предназначенную для перемещения произвольных цепочек коммитов на новое место:
git rebase --onto <новая база> <старая база> <конец цепочки>
или для вашего случая:
git rebase --onto HEAD~2 HEAD~1 HEAD
o———A ← HEAD~2
\
B ← HEAD~1
\
C ← HEAD
Получим:
o———A ———С' ← HEAD
\
B