ht.access ни на что не влияют, работать могут только те, у которых точка в имени первая, на них смотрите. В зависимости от расположения в файловой системе веб-сервер(эти файлы только для Apache) определяет их приоритетность/применимость и исполняет
Обычно это файл-пример, который вы можете переименовать и использовать. Например может идти в комплекте с CMS и быть переименованным на этапе установки. Впоследствии он не нужен, можно удалить.
вот на счёт .htaccess нужно понять, какой приоритетный?
область действия этого файла распространяется на текущую директорию и все вложенные в нее.
Например в корне может лежать основной файл с включенным RewriteRule, а в отдельных вложенных директориях небольшие файлики с кастомными правилами для них. Или с запретом доступа в определенные директории. Поэтому не стоит удалять файлы, не пониямая, зачем они нужны.
Ничего плохого или опасного в наличии таких файлов в разных папках нет.
Переименованные htaccess попросту игнорируются. А в каждом каталоге/папке может быть свой htaccess, со своим набором директив, если они там нужны.
В общем, ничего страшного.
