Также, как и любой другой бизнес.
По фактическому доходу, затратам на поддержку, наличию хоть чего-то кроме кода (например наличию разработчиков, которые фуллтайм этим сайтом занимаются), по вложениям (например на лицензии и контент)
Как можно оценить его стоимость исключая факторы посещения и доходности от сайта
Ноль + стоимость лицензий, которые можно использовать в рамках другого проекта + стоимость контента.