В первую очередь самый безопасный мессенджер - это тот, сервер которого вы контролируете. On-premise. MyChat, OpenFire, Matrix... Что угодно, кроме WhatsApp, Telegram, Viber, Skype и тому подобных сервисов.
Во вторую очередь - наличие шифрования трафика и далее по списку разные плюшки для безопасности. Важно держать баланс между паранойей и удобством.