Как сделать чтобы почта проверялась не зависимо от того есть сотрудник на портале или нет?
Синхронизация почты работает в двух вариантах - на агенте (Bitrix\Mail\Helper::syncMailboxAgent(***);) и на таймере (напрямую через \Bitrix\Mail\Helper\Mailbox\MailboxSyncManager).
В агенты штатно вынесен только syncMailboxAgent (с периодом в 1 сутки), но он имеет ограничения на запуск поэтому при большом количестве почтовых ящиков и длительных ответах начинаются тормоза.
Никакой инструкции нет, поэтому сначала можно попробовать уменьшить период запуска (скажем каждые несколько часов).