Какая вероятность того что линукс после обновления или после перезагрузки может не запустится
процент вероятности вам никто не назовёт так как это зависит слишком от многих факторов. Вы написали
"или после перезагрузки", сама по себе перезагрузка не страшна, а вот перезагрузка после
глобального обновления системы порой может преподнести неожиданный результат.
Обновление систем можно грубо поделить на два типа - релиз и плавающий релиз(rolling release).
1) К
релизным системам относится к примеру дебиан и убунта, да и винда по сути тоже. Релизный принцип это когда основные компоненты системы изменяются только от релиза к релизу, в то время как её периферия(второстепенные компоненты) могут меняться на протяжении самого релиза. Проблемы с системой здесь в основном могут возникнуть при обновлении до нового релиза, которое происходит раз в несколько лет, поэтому многие из неискушенных просто накатывают её по новой.
2) К
системам с плавающим(ролинг) релизом относится, к примеру, выбранный тобой manjaro который основан на arch. Здесь нету релизов в обычном понимании так как
все компоненты системы обновляться по мере их доступности, под релизом здесь понимается
срез текущей системы для формирования установочного образа. Проблемы здесь могут возникать чаще чем в первом варианте так как могут обновиться компоненты непосредственно влияющие на работоспособность системы, что порой(
редко но метко) может привести к невозможности загрузки системы, обычно это либо загрузчик, либо ядро, либо драйвер на видеокарту, ну может что-то еще системное, но это уже редкость. Способы исправления довольно обкатаны особенно если под рукой есть спасательная флешка. Некоторые, в том или ином виде, делают бекапы системы перед обновлениями для подстраховки.
Есть еще вариант с Nix и Guix дистрибутивами linux, которые в некотором смысле позволяют
программировать свою систему, отказаться от костылей в виде бекапов, а также являясь системой с ролинг релизом иметь разные версии программ что является болью для других систем подобного типа, но это довольно сложные штуки даже для
линуксоидов.
но боюсь за свои файлы
обновление системы никак не влияет на сохранность ваших личных файлов(не путать с системными файлами), можете конечно временно потерять доступ к ним если система вдруг не загрузилась, но для этого не всякий случай всегда можно держать спасательную флешку с live системой linux для восстановления основной системы ну или даже просто подмонтировать нужный раздел с данными.
Потерять данные конечно можно, но в основном это происходит если повреждается файловая система, ну или там случайно затёрлась таблица разделов, всё это довольно редкий случай если исключить проблему с железом.