btw, Process Explorer позволяет посмотреть какие потоки в данные момент запущены и их стек, смотрим процесс System и выявляем драйвер который грузит систему.
Скорее всего тормозит драйвер. У меня подобные поведения наблюдались у NOD (тормозит вплоть до вышибания драйверов дисковой системы, тормозить перестает, но почти сразу вешается система) и драйверов для видеокарты от ATI.