Если открыть файл через текстовый редактор Notepad++, то визуально он как обычный PDF файл. Кодировка файла в Notepad++ указана как UTF-8.
А в других PDF файлах Notepad++ показывает кодировку ANSI. Может быть в этом проблема.
И еще, если поток данных от API сохраняю в файл на сервере, то файл открывается отлично:
my $file = IO::File->new( 'id.pdf', '>' ) or die "Unable to open output file - $!\n";
$file->binmode;
$file->print( $res->decoded_content );
$file->close;
UPDATE: решил сам:
binmode STDOUT;
print $res->content;