1. Как вариант могли пробить статикой, но это обычно зимой бывает, щас ей неоткуда взяться). Случай редкий, но возможный, особенно если разряд как раз в область флешки биоса пришелся.
2. Хоть и говорите проверяли все по три раза, но вдруг все же задели и замкнули какие игольчатые контакты, видел например замыкание таковых в колодке USB 3.0 (там они значительно тоньше и гибче прочих).
3. Биос тоже так сказать иногда "слетает". Случай редкий, но по сути это та же флеш с хранением заряда, который со временем "утекает". Но думаю, это не ваш случай, такое совпадение маловероятно.
4. Ну и проверьте правильность подключения проводов в колодку для кнопок и индикаторов передней панели корпуса, надежность контакта кабеля питания процессора на всякий случай.
5. А, еще сталкивался, когда при замене материнки пришла другая плата такого же формата (размера), а нижнее правое отверстие под винт было смещено относительно старой платы и стойка корпуса попадала прям на дорожки и оголенные площадки. Не стал разбираться, почему отличия в посадочных местах для винтов, просто заклеил изолентой то место.