Связывают не репозитории а конкретные ветки. Если вам дорога́ та ветка на гитхабе с единственным коммитом, то просто переименуйте её, чтобы не мешала отправлять актуальный проект.
Если же хочется непременно объединить две истории, то вам нужно предварительно подгрузить историю с гитхаба к себе, и только потом отправлять.
Например пересадить вашу локальную ветку поверх того коммита с гитхаба
git pull --rebase origin main
Либо через коммит слияния
git pull --allow-unrelated-histories origin main