Тут скорее всего ничего нельзя сделать. Судя по всему используется Django ORM.
А любые ORM библиотеки не подходят для массовой загрузки-выгрузки.
Надо просто отказаться от ORM и работать на уровне БД (Mongo/MySQL)
их собственными средствами пакетной загрузки.
Автор посчитал что 50к строк загружалось около часа. Тоесть это около 14 строк в секунду.
Это - позорная скорость. Не знаю что там за БД и что за структура у этого объекта.
И так жить нельзя.
для sqlite настоятельно рекомендую разместить ее файл на ram диске (временно на время длительных операций), никакие другие способы не дадут такого ускорения записи, sqlite все же не про скорость
а так да, менять логику поведения и убирать commit после каждого запроса, делая его раз на тысячу-десяток тысяч модификаций