Базовая единица у вас "шт.", вы не можете изменить базовую единицу товара по которому уже есть движения в учете. Но, вам и не нужно этого делать.
Вы создали единицу "упаковка" с коэффициентом 100, всё верно.
Теперь, когда вы оформляете документ, по умолчанию в нем по прежнему будет заполняться единица "шт", но когда вы меняете её на упаковку, то при проведении документа у вас будет списываться (приходовться) столько штук, сколько нужно.
Например: Вы ввели 3 упаковки. В движениях будет 300 шт.
Если это не то что вам нужно, попробуйте описать проблему конкретнее.