Не может ли это быть аппаратной проблемой ?
может
Подскажите, с чего начать разбираться ?
Загрузиться с LiveUSB и проверить диск на ошибки командой
sudo fdisk -l /dev/sda1
Где sda1 поменять на имя тома в системе как оно есть.
Также посмотреть данные SMART чтобы понять что там по железу отчет говорит
Вот
тут написано как.