Создаётся chroot для этого пользователя, и там создаётся маленький мирок для пользователя, свой хоумдир, и там уже и помещается искомая папка.
Дело в том, что для любого SSH пользователя ОБЯЗАНЫ существовать папка /bin/ в которой лежит /bash, ибо при первом входе запускается /bin/bash, также пользователь обязан видеть свякие утилиты вроде iconv, cp (если реализация в виде бинарника), php, grep и так далее. Без этого неовзможно будет работать.
Поэтому там, куда попадает пользователь по SSH, всегда есть папка /bin, /etc, /dev, /home и так далее.
Собственные /bin, /etc/ и другое окружение для пользователя занимает примерно гигабайт (убунта-сервер).