Можно ли? - Можно!
Плохая идея? - Нет, идея здравая!
Могут ли быть проблемы? - Могут быть, а могут и не быть...
Теоретически конфигурации для разных версий (если это только не верхние 8.0, 8.1, 8.2 и 8.3) смогут нормально сосуществовать рядом на максимальной версии. Если возникают проблемы совместимости, то их можно подавить явно указав в конфигурации режим совместимости.
Нужно просто все поставить на единый сервер и попробовать в таком режиме тестово работать - делать документы, справочники, формировать отчеты и обработки - если в течении тестового периода все ок, то переезжайте на единый прод.