PostgreSQL - это enterprise решение. Конечно если сомневаетесь что выбрать, всегда лучше выбирать PostgreSQL, т.к MySQL во всех случаях будет как даунгрейд, просто потому, что MySQL на несколько лет позади в развитие и до сих пор многое не умеет, хотя конечно лучше, чем было на 5 версии.
Но если у вас есть тот, кто буквально знает ВСЁ об MySQL и сумеет его правильно приготовить, то тогда конечно лучше выбрать его.