Drno, да, спасибо, сделал files:scan и файлы появились. Вот только если помещать файлы в каталоги, созданные по ссылкам OwnCloud не знает и об этих действиях. То есть
/Dir1 - каталог owncloud
/Dir-link это отображение Dir1 <<-- Dir-link
Сканируем /Dir-link
файлы появились в owncloud.
Но если создадим файл /Dir-link/testfile
- он не появится в основном пути в (/Dir1/testfile)