Так а в чем именно проблема? вы можете создать все руками, главное чтобы структура соответствовала приемлемой для мавена, и потом собирать все мавеном(вкладка maven).
P.S. Idea 12 немного устарела, да и спринг уже 4 вышел.
В 13 idea это делается легко, при создании проекта указываете spring и он создает стандартный hello world используя spring
Можно создать Spring проект(так можно в 13 точно, а в 12 хз) и просто кинуть к нему дефолтный pom.xml с зависимостями и все. Либо создать проект такой структуры, пихнуть туда pom.xml, в него вбить зависимости спринга
Руками создают остальные файлы конфигурации и добавляют папку webapp.
Вы создаёте стандартный мавен проект, потом к нему можете всё добавить и будет как на скрине.
Добавить BaseController, добавить в pom файл зависимости для спринга...