Нет, через chroot скопировать не получится. А вот с заходом в суперпользователя через sudo или su - вполне.
Весь вопрос, куда копировать будем?
Можно просто перенести всю файловую систему
sudo cp -ax / /mnt/
Ключик -x обязателен, и в /mnt должна быть подмонтирована другая файловая система.
PS. Для PXE скорее всего нужно сделать новый initrd.img, а еще раздавать файловую систему по nfs , установить dhcpd + tftp, и все это настроить - не очень благодарное занятие для первого раза...