Я сразу скажу - есть. В отличие от программного ввода с использованием winAPI, нажатия физической клавиатуры приходят в первую очередь с помощью драйвера в режиме ядра.
Например когда я писал бота для онлайн игры с защитой Frost, то хуки нажатий, отправленных с программы перехватывались блокировались Frost'ом.
Пришлось переписать кликера , но уже с использованием драйвера виртуальной клавиатуры и мыши от Microsoft.
Но хотя они и эту дыру закрыли вскоре - ввод брлокировался, так как они просекли как нажатия попадают в окно игры через драйвер, и уже по другому отлавливали мухлёж.