Очевидно дело в сортировка или глубине. Чтобы лучше понять причины тщательно сравни в инспекторе параметры темной клетки, на которой он стоит и красной клетки, которая его перекрывает.
То, в чем они отличаются и укажет на причину.
Так же сравнивай параметры позиционирования у персонажа, когда он стоит и когда начинается анимация.
По скриншотам вообще ничего непонятно, кроме того, что да происходит перекрытие.
Если не получится разобраться самостоятельно, кинь хотя бы скрины клеток, о которых я написал, в инспекторе