Есть два каталога (оба - локальные репозитории). Они идентичны, за исключением того, что в одном из них есть файл. Как я могу избавиться от этого файла, слив ветки этих двух каталогов-репозиториев?
Если репозитории идентичны, как вы говорите, то merge ничего не изменит.
Лишние файлы удаляют командой git clean -f -d
Это очистит рабочий каталог от всех неотслеживаемых файлов, кроме игнорируемых.