Я б, наверно, засунул в виртуальную машину вторую задачу. Вообще считаю - один сервер - одна задача. Физически серверов не хватит, но можно использовать контейнеры. Может в вашем случае может хватить lxc - посмотрите - там все очень просто, накладных трат ресурсов практически нет.
Но возможно у вас надо будет эти директории как-то объединять потом, тогда мой совет ни к чему.
