Инструментарий не изменился (хотя и появились сложности).
Самый бюджетный - связка KeyCollector и KeyAssort (для кластеризации). КейКоллектор сейчас работает дольше и с бубном, поскольку Яндекс решил усложнить людям процессы, но пока работает.
Второй путь –использовать сервисы (например, Just-Magic, Rush Analytics и т.п.). Сильно дороже, преимуществ по качеству особых я не вижу.
Главный же вопрос: а надо ли собирать "максимально полное ядро" да ещё с опорой на ключи и их частотность?
Оптимальный вариант – собрать базовую структуру категорий по топам, и если тематика большая - масштабировать поэтапно. Раньше был смысл учитывать "хвосты", поскольку были важны вхождения. Сейчас алгоритмы-трансформеры практически эти хвосты игнорируют, им важнее интент. Да, риск создать категорию-"нулевку", не способную привлечь самостоятельный трафик из поиска остаётся. Но это не значит, что такая категория не способна получить трафик не из поиска - и этого уже достаточно, чтобы не попасть под МПК, если реальный спрос всё же есть.