Вы правильно написали, можно даже просто uploads/avatars/
Но в папку нужно добавить файл .gitkeep, и добавить его в исключения игнора. Лучше так (универсально для всех .gitkeep) в конце файла .gitignore: !**.gitkeep
Этот файл нужно будет запушить в репу. Git не пушит пустые папки.