В индекс добавляются не файлы, а их изменения. Удаление файла это тоже изменение. Мы обязаны сообщить гиту об этих изменениях, если хотим, чтобы он знал о них.
Как уже сказали, одного и того же результата можно достигнуть разными способами.
Вы не обязаны использовать
git rm
, он просто делает сразу два действия
rm file.txt
git add file.txt
На практике мы скорее используем
git rm
в ситуациях, когда хотим удалить файл из репозитория, но оставить в рабочем каталоге.
git rm --cached file.txt
git commit