Каждое USB устройство имеет "вшитый" PID и VID (ссылка где смотреть). При подключении, ОС получает эту информацию и может (например) произвести автоматическую установку драйверов для нового устройства.
Вопрос почти всеобъемлющий. Начать можно с того, что каждое устройство, которое поддерживает plug&play при подключении обменивается с компьютером информацией о том, кто оно, что умеет, чего хочет. Кто не поддерживает - обменивается при старте компьютера. Но суть одна - биос точно знает, что в портах есть определенные устройства и с ними можно работать и передавать управление ими в операционную систему.
Это очень упрощенно и кратко.
